Se estima que el número de cristianos activos era alrededor de 200.000 en 1582. Había probablemente alrededor de 1,000 mártires conocidos durante el período misionero. Por el contrario, los cristianos atribuyen una gran importancia al martirio y la persecución, y se señala que un sinnúmero de personas más fueron despojadas de sus tierras y bienes muriendo posteriormente en la pobreza.
Una situación de conflicto, según se ve, que no habla en absoluto bien de la IC, que tuvo la intención de apropiarse de Japón y convertir todo el país al catolicismo, como había ocurrido en Filipinas. Pero si los jesuitas (entre otros) no fueron exactamente sutiles en sus intenciones, y quemaron templos budistas y shintoistas, obligando a los budistas a convertirse al catolicismo, la reacción japonesa lo fueron menos:
Esto ha dado origen a diversos libros y novelas, una de las cuales ("Silencio") fue llevada al cine, con ese mismo nombre. En esa novela, se pone de manifiesto el fanatismo de los misioneros, que actuaban más com agentes de potencias estranjeras que otra cosa. Los japoneses aparecen más bien como defendiendo su país, de una invasión que ponía en peligro su propia existencia. Si hubiesen actuado de otra manera, hoy Japón sería un país católico como Filipinas, y naturalmente el zen no se conocería en occidente. Por tanto, ¿con quien deberíamos simpatizar? ¿Con los fanáticos católicos, o con los samurais y soldados nipones que masacraron a los católicos conversos? Es un punto delicado, ¿no es cierto? Es dificil tomar partido.El gobierno japonés usó el fumie para revelar las prácticas católicas y sus simpatizantes. El fumie eran imágenes de Cristo y la Virgen María. Los funcionarios del gobierno hacían que todos pisotearan esas imágenes al inicio del Año nuevo japonés. Las personas que se resistían a pisar las imágenes se identificaron como católicos y luego eran enviados a Nagasaki. La política del gobierno japonés de Edo (Tokio actual) era que apostataran de su fe. Si los católicos se negaban a cambiar de religión eran torturados; muchos de ellos negándose a abandonar su fe fueron ejecutados en el volcán Monte Unzen.
Tras una rebelión de los cristianos conversos, y la reacción de las fuerzas japonesas, hubo una cruenta batalla en la que murieron decenas de miles de combatientes, y el cristianismo fue prohibido y reprimido con virulencia. Pero hubo cristianos que practicaron de un modo oculto, por su cuenta, hasta que Japón se abrió a tener contactos con occidente, ya en el siglo XIX. Estos cristianos, reciben el nombre hoy de Kakure Kirishitan (crisitanos ocultos). Aún hoy, hay descendientes de los Kakure Kirishitan que practican un cristianismo autóctono, que no se parece mucho ya a sus orígenes católicos. Cuando los modernos misioneros católicos llegaron a Japón, les dijeron que debían abandonar sus creencias y convertirse al catolicismo, cosa que solo el 50% hizo. El resto, siguieron practicando esa extraña forma de cristianismo, con tintes budistas, oraciones secretas y ceremonias ocultas. Incluso sus iconos, como María Kannon, son peculiares: la Virgen María, que aparece como si fuese el bodisatva Kannon, salvo por ciertos detalles, como cruces ocultas.
Un episodio más, dificil de digerir para budistas y católicos de nuestros días.
